魔术协会，是把魔术当作学问来学习者的互助会。他们恐惧神秘泄漏到自己以外。脍炙人口、被广泛认识的神秘已经不是神秘了，因为哪里已经不留下任何“力量”。并且，他们不承认地方风俗的神秘(所谓的“咒术”)是学问并因此而蔑视。
组织介绍
不问国籍、流派，由学习魔术的人们结成的自卫团体(当然，是名义上)。 管理、隐匿魔术，并将其发展作为使命。 为了从威胁自身之物(教会，对自己以外的魔术团体，触犯禁忌的人进行处罚的怪异存在)手中保护自身而持有武力， 为了魔术的进一步发展(也有说衰退的)，持有研究机构 ，为抑制魔术犯罪颁布了法律。
组织构成
三大部门
魔术协会，能够粗略地分为3个部门：
“时计塔”。
被当成是现在的协会本部的部门，存在于英国的伦敦，大英博物馆内部。时计塔这个名字，与那座大本钟有关。比其他部门新，其历史大概是2000年。创立于西历元年（2015的时钟塔中说是公元2世纪），作为最新的研究机关得到成长与发展。
西欧圈为时钟塔的势力范围，九成的西欧魔术师会选择时钟塔。
2.“阿特拉斯院”。
存在于埃及的阿特拉斯山脉的部门，别名称为“巨人之地窖”。也是炼金术师聚集的研究组织，同其他部门相比，也是贯彻着算是很彻底的秘密主义，因此详细不明。
阿特拉斯院专心炼金术，着重于事象的变换，同时钟塔的现代炼金术研究的物质变换不同。
3.“彷徨海”。
是彷徨于北大西洋的巨大山脉其本身，也被称为“移动石柩”。组织内部没有一般的上下关系，被认为不像时计塔般期望着“魔术更进一步的发展”，但其真相不明。
彷徨海被视为魔术协会的原型，专心于人体改造和神代魔术的研究。同时钟塔关系恶劣。
三大部门整体规模相当。
以上的三部门同心合力，运营着魔术协会……这是场面话。这三部门老早就不太进行交涉。虽然不是敌对关系，不过三者的想法都不相同，考虑成它们有着相当大的隔阂也没关系吧。
还有，除魔术协会以外日本、中国、中东等各地域也存在着管理神秘的组织，但由于思想不同而没有公开的交流。
魔术协会的魔术师们
除掉像卫宫士郎那样的例外，魔术师通常都所属于魔术协会。名门出身的远坂凛不说也罢，本来属于圣堂教会的言峰绮礼，也以派遣的形式在魔术协会设有户籍。话虽如此，协会的魔术师并非一条心，这看『Fate/stay night』也一目了然了吧。
魔术师全都抱着“到达根源”这个共同目标。不过那是指，自己一个人能够到达就可以。因此，协会内部化成了成员们间对立与策谋、疑惑与敌意的漩涡。
魔术的最高学府“时计塔”
介绍
时计塔现在可以说正是魔术协会的中枢其本身，它以伦敦的大英博物馆作为据点（2015的时钟塔中说是伦敦郊外的一个小镇）。全世界的魔术师聚集，并于此日夜刻苦钻研魔术，同时也为了拉下其他派系以及竞争权力、获得预算等而鼓足干劲。组织的构造复杂奇怪，决不能称作为一条心，但他们的魔术研究确实是世界最尖端。
时钟塔
建筑物地下是以工房和书库为首的魔术师们的研究区域。理所当然，对一般人来说只是“来历正当的博物馆”，但其最深部有着被称为“桥底”的特别区域(牢狱?)，幽禁着很多被协会判断为“才能太过突出所以危险”而被“封印指定”的魔术师。还有，伦敦塔的地下，似乎幽禁着被当作是魔术协会第一灾难话题的“恶灵”加沙米[ガザミィ]。
身为时计塔最高负责人的“院长”，自创立以来经过2000年都是同一个人一直在任，因此被认为是脱离人类的存在。
经营有关魔术的专利权的也是时计塔，远坂家现在的财政，是用至今所存入的专利费来维持。
团队成员
魔术协会，不对，时计塔中君临了好几个古老家系。他们被称为贵族(Lord)，受着他人的畏惧。
大贵族有三家，亲属大约存在二十家，都是在表社会里也很著名的名门。贵族家的历史最短的也有五百年，最长的超过两千年。从遥远陌生的过去起，他们就埋头于阴谋当中。
巴瑟梅罗[Barthomeloi]
魔术协会的名门贵族。现当主巴瑟梅罗・萝蕾莱[Barthomeloi Lorelei]担任着时计塔的院长辅佐。列席于家系的人其精英意识极为强烈，是藐视着自己家系以外几乎所有人的程度。另外，现当主被看做是“现代最高峰的魔术师”。
埃尔梅罗[El-Melloi]
属于名门阿契波尔特[Archibald]家的学派。第四次圣杯战争中，身为贵族的凯纳斯・阿契波尔特以一名Master的身份参战。不过由于凯纳斯突然的战死，阿契波尔特家、埃尔梅罗学派一起遇上将要没落的苦头。其后，基于曾是凯纳斯弟子的韦伯・维尔维特的帮助，家门、学派双方都得以完成复兴。学派由韦伯继承，而他则被称为贵族・埃尔梅罗Ⅱ世。
魔术师的位阶
魔术师，会被赋予与自已的实力相应的“位阶”。虽然最上位被认为是王冠(Grand)，但其详细不明。另外，门生中王冠位辈出的时计塔讲师贵族・埃尔梅罗Ⅱ世，不知怎样的似乎仍停留在“四阶级”这个平庸的位阶。
颜色的位阶，与通常的位阶不同，成为特别存在的人会被赋予冠有“颜色”的称号。
最高位是按照颜色三原色的红、蓝、黄。然后，接着是作为合成色的橙、紫、绿、黑。越后者，等级越低。另外称号并没有规定每个颜色只能有1名。只要是伟大的魔术师、拥有特异才能的人，就会慷慨地赋予颜色的位阶。
按《Lord·埃尔梅罗二世事件簿》中的说法，时钟塔中主要有：冠位（Grand）、色位（Brand）、典位（Pride）、祭位（Fes）、开位（Cause）、长子（Count）、末子（Frame）七个阶位。
如上所示，最高位是冠位（Grand），最低位是末子（Frame）。但是，一般都是将色位（Brand）视为事实上的最高位。大部分的君主（Lord）也都止步于此。就连肯尼斯·艾尔梅洛伊·阿其波卢德那时也没能更进一步。不过，要是他能再活得久一些，说不定也不是不可能就是了。
而得到冠位（Grand）评价的魔术师平时在时钟塔几乎看不到，且这群抵达了最深处的人也不怎么和其他魔术师来往。目前已知的冠位（Grand）魔术师有苍崎橙子。
Lord·埃尔梅罗二世（韦伯·维尔维特）则被评价为“祭位（Fes）”。虽然按一般算法来说是第四阶位，但其实这个称号是附带特殊条件的。简单来说，有别于通常魔术师的能力，赋予那些必须进行评价的特殊技能或实绩的名誉阶级。比如，身为传承保菌者（GodsHolder），使用着传承自神代礼装的执行者（巴泽特）；能轻易将损伤的魔术刻印再生的修复师。对于超出魔术师领域的，绝大的异能的畏惧。而Lord·埃尔梅罗二世则是因作为教师，其学生的能力出色
封印指定的执行者
受到前述的“封印指定”就会被幽禁，行动的自由当然不用说，连魔术的研究也会变得不随心。因此，指定对象当然会拼死抵抗，战斗也在所不辞。为了强制回收受到封印指定的魔术师，协会会派遣出“执行者”。总数大约有30人。巴泽特也是其中之一。
巨人之地窖“阿特拉斯院”
《F/CM3》中设定
三大部门之一，阿特拉斯院在埃及的阿特拉斯山脉修筑据点。魔术师，特别是以炼金术师为中心的部门，自纪元前就存在。
虽然和魔术协会本部・时计塔的交流变稀薄了，但要是有请求的话也会租出人材(当然，是炼金术师)。而且，其交易户也包含着圣堂教会。
阿特拉斯院的炼金术师们，直率地表达就是“技术人员”、“兵器锻造师”。制造出用来战胜初代院长在演算最后所达到的“未来到临之终末”的兵器。在无限重复这件事的期间，变貌成现在那种姿态了。
隶属于阿特拉斯院的最低条件，被定为能进行三个分割思考以及高速思考。由于他们仅仅只是“炼金术师”的缘故，与时计塔的魔术师那种产生出魔力火球的把戏没有缘分
《月姬读本》中设定
魔术协会三大部门之一。设立于埃及的阿特拉斯山上的炼金术师学院。与中世纪成为主流的现代炼金术不同，它是魔术的鼻祖，解析世界之理的炼金术师集团。同Praha的协会关系恶劣，也疏远作为魔术协会心脏的时钟塔。通称“巨人的穴藏”。
为了回避被初代院长所证明的“终结”，永不停息地在重复着销毁和打造兵器。“不要解开Altas的封印，否则世界会被毁灭七次的。”Praha的炼金术师如此说道。为了拯救世界而做成的兵器，更是凄凉地沦为毁灭地球的道具
虽然说是三大部门，但世界上都是独立首脑集团。偶尔，也会因为其他协会和圣堂教会的请求，而出借其下属的炼金术师。借用炼金术师，需要过去Altas院发出的“契约书”。Altas现在的想法是回收那只发行了7枚的借让契约书。
阿特拉斯院的炼金术师
研究物质流转的人。那就是炼金术师。时计塔的炼金术师藉着与西洋魔术融合，产生出像爱因兹贝伦的人造人（homunculus）那般的成品。
不过阿特拉斯院的炼金术师，比其要更加接近原义，把“事象的变换”定为最高目的。炼金术中常被提及的“将卑金属变换成黄金”，对阿特拉斯院的成员来说仅仅是“物质的变换”，只不过是遥遥远离理想的幼稚拙劣的技术。他们的炼金术，是把作为其源流的古代埃及冶金术高度发展而成的，并不像时计塔的魔术师们操纵的所有炼金术那般，几乎完全没受到西洋魔术的影响。
已知成员：紫苑·艾尔特拉姆·阿特拉西亚、拉尼Ⅷ
协会之原型“彷徨海”
彷徨海是与阿特拉斯院并列、称为魔术协会原型的组织。据说魔术协会创设者中，存在过很多被彷徨海或阿特拉斯院赶走、失去投奔处的异端魔术师。
彷徨海的大本营位于北欧。拥有移动石柩之异名的它就是会移动的山脉其本身。通常是如同其名地在海上彷徨，不过据说偶尔也会走上陆地。
其研究内容，似乎主要是肉体(人体)的改造，但详细不明。名为弗阿布罗・洛威恩[フォアブロ・ロワイン]的魔术师曾经在籍，但后来出逃。据说他为了得到永远性而把自己的肉体变成混沌之海，然后成为了吸血鬼。他的名字以“Nero Chaos（尼禄·卡欧斯）”的形式，被刻于吸血鬼的始祖存在“死徒二十七祖”的名单上。是在肉体内侧形成独自的结界、于该处寄宿着666个兽之因子的怪物……。
与教会的关系
圣堂教会憎恶魔术。正确来说是他们不想去认同，非“被神选中的圣人”者任意妄为地发挥神秘的力量。魔术协会和教会之间虽然有过不愉快，但现在处于停战状态，而且由于担心内部派系的不公正，在监督圣杯战争的时候，会请教会派遣神职人员代为监管。并没有规定说魔术师一定要加入协会，只是有关魔术的东西在协会里都很容易找到，而且在协会里能隐蔽行踪，对于研究魔术来说是相当方便的事情。当然，也有从协会中退出的，例如苍崎橙子。
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